DNAオリゴ・RNAオリゴ合成受託

次世代シーケンス用オリゴ合成サービス

xGen® Lockdown® Probes(Custom Enrichment Panels for Target Capture)

Target Capture模式図 xGen® Lockdown® Probesは、次世代シーケンスのターゲットエンリッチメント用およびカスタムパネル作製用のDNAプローブです。フレキシブルで、コストおよび拡張性に優れており、ユーザーがシーケンス解析したいターゲット領域を自由に選ぶことができ、さらに追加拡張することが可能です。
高い合成効率を誇る特別なカスタムDNAオリゴ、Ultramer®を5'Biotin標識した60~120 bases のプローブであり、すべて個別に質量分析により品質を確認しています。GC rich配列のプローブでも高品質に合成可能なため、ターゲット領域のGCバイアスの影響を回避できます。120 bases のプローブは、ターゲット領域に変異や欠失が存在してもキャプチャー可能です。
概要
◎ 質量分析による品質チェック済みの高品質の5'Biotin標識DNAプローブです。
◎ プローブの長さは60〜120 basesです。
◎ 発注後の納期予定は約3週間です。
◎ Mini合成スケール(3 pmole/probe) で試行し、その後に大きなスケールに移行可能です。
◎ 他社キャプチャーキットの補完用(GC richのターゲット領域用など)にも使用可能です。
合成
スケール
価格
/probe
納品量/probe 最小発注
必要数
納品時チューブ プレート納品
可否
Mini ¥2,400 3 pmole (1反応分) 200 probes 2 mLチューブ 不可
Standard ¥4,000 24 pmole (8反応分) 96 probes 4.5 mLチューブ
XL ¥5,600 192 pmole (64反応分) 96 probes 10 mLチューブ
特徴
高いカバレッジ
xGen® Lockdown® Probesは、ターゲット領域全体に対して、より良いエンリッチメントを達成できます。
高いカバレッジ
  • 増幅済ライブラリーに対し、ターゲット領域全体をカバーする1,000本のxGen® Lockdown® Probesを使い、in-solution hybridization selectionにより、エンリッチメントを行った。
  • 24時間のhybridizationを行った後に、エンリッチされたターゲット領域をHiSeq 2000 System (Illumina)で解析した。
xGen® Lockdown® Probesを使用することで、従来のアレイ上で製造されるDNAを基に合成されるRNAプローブを使用するよりも、より良いエンリッチメントを達成できます。
他社RNAプローブの改善/補完に使用可能
個別に合成され品質管理チェックも受けているIDT社のxGen® Lockdown® Probesを、他社RNAプローブに加えて実験を行うことで、例えば第1エクソンなどGC 比率の高い領域のカバレッジを高めることができます。
高いカバレッジ
GC比率が高い第1エクソンで、カバレッジを改善した例
 133 kbのターゲット領域に対する1,000本のxGen® Lockdown® Probesを、他社RNAプローブ(1.1Mb)とミックスしてプローブセットとし、24時間のhybridizationを行った後に、エンリッチされたターゲット領域をHiSeq 2000 System (Illumina)で解析した。
高いカバレッジ
GC比率が高いターゲット領域で、カバレッジを補完した例
 特定のGC richのターゲット領域に対する3本のxGen® Lockdown® Probesを、他社RNAプローブ(1.1Mb)とミックスしてプローブセットとし、24時間のhybridizationを行った後に、エンリッチされたターゲット領域をHiSeq 2000 System (Illumina)で解析した。
※ このxGen® Lockdown® Probesの使用例は、IDT社機関誌DECODEDのJuly 2012: Volume 2, Number 3に記載されています。

xGen® AML Cancer Panel v1.0

264のAML関連遺伝子をターゲットとする11,743本プローブセット
概要
xGen® AML Cancer Panel v1.0は、AML(acute myelogenous leukemia:急性骨髄性白血病)関連遺伝子を高い信頼性で効率良くシーケンス解析できるプローブセットです。
データ均一性と信頼性に優れています。
本panelと併せてxGen® Universal Blocking Oligos (別売品)を用いることで、ターゲットの98%以上の領域で、平均のカバレッジの深さ(読み深度)の20%以上の深さを実現します。(右図参照)
サンプル前処理時間の短縮が可能です。プローブのハイブリダイゼーション時間が4時間の短縮プロトコールに対応しています。
16反応用、96反応用の2つの製品サイズから選択可能です。
高いカバレッジ 高いデータ均一性と信頼性
 Illumina TruSeq® LT Libraryを、xGen® AML Cancer Panel v1.0でエンリッチし、Illumina MiSeqの250塩基のペアエンドによりシーケンス解析した。4サンプルそれぞれ、総リード長は31.8 Mb。
本製品のターゲットとなる主なAML関連遺伝子
ASXL1 C17orf97 CBL CEBPA DNMT3A EGFR EZH2 FAM154B FAM47A FAM5C
FLRT2 FLT3 GJB3 IDH1 IDH2 JAK1 JAK2 JAK3 KCNA4 KCNK13
KDM6A KDR KIT KRAS LRRC4 MLL3 MYC NF1 NPM1 NRAS
NTRK3 OR13H1 OR8B12 P2RY2 PCDHB1 PRAMEF2 PTPN11 RUNX1 TET2 TP53
TUBA3C WT1
※ 全遺伝子リストはこちら
icon【xGen® AML Cancer Panel全遺伝子リスト】 Exelファイル(22KB)
参考文献
Cancer Genome Atlas Research Network. Genomic and epigenomic landscapes of adult de novo acute myeloid leukemia. N Engl J Med. 368, 2059–2074 (2013)

xGen® Universal Blocking Oligos

化学修飾ブロッキングオリゴ、プレデザイン版
xGen® Universal Blocking Oligos は、エンリッチメントの過程でのプローブの非特異的ハイブリダイゼーションを防ぎ、より多くのターゲット領域のシーケンスデータの取得を可能にする化学修飾ブロッキングオリゴです。
DNAライブラリーの末端に存在するアダプターに相補的に結合することで、アダプター同士のクロスハイブリダイゼーションや、アダプターへのプローブの非特異的結合をブロックします。
Illumina TruSeq® LT用およびIon Torrent™用の2種類のプレデザイン版があります。
Illumina TruSeq® LT:
TS-p5を1本、TS-p7(6nt)もしくはTS-p7(8nt)を1本、合計2本の購入が必要。ただし、6nt (adapters 1-12) と8nt (adapters 13-27)を同時に用いる場合はTS-p7(6nt)およびTS-p7(8nt)の両方が必要となり、TS-p5と併せて合計3本の購入が必要。
Ion Torrent™:
TS-p5を1本、TS-p7(6nt)もしくはTS-p7(8nt)を1本、合計2本の購入が必要。ただし、6nt (adapters 1-12) と8nt (adapters 13-27)を同時に用いる場合はTS-p7(6nt)およびTS-p7(8nt)の両方が必要となり、TS-p5と併せて合計3本の購入が必要。
10反応用、25反応用の2つの製品サイズから選択可能です。
他のライブラリー用、任意の配列でのブロッキングオリゴのカスタム合成をご要望の場合はお問い合わせください。お見積りいたします。
今後、Illumina TruSeq® HT 用、Illumina Nextera™ 用のプレデザイン版の発売を予定しています。
製品名 製品サイズ 価格
xGen® AML Cancer Panel v1.0 16 反応分
¥400,000/panel
96 反応分 ¥1,360,000/panel
xGen® Universal Blocking Oligos
<Illumina TruSeq® LT用>
xGen® Universal Blocking Oligo - TS-p5
xGen® Universal Blocking Oligo - TS-p7(6nt)
xGen® Universal Blocking Oligo - TS-p7(8nt)
<Ion Torrent™用>
xGen® Universal Blocking Oligo - IT-A
xGen® Universal Blocking Oligo - IT-P1
10 反応分 ¥48,000/oligo
25 反応分 ¥96,000/oligo
購入例
24サンプルのIllumina TruSeq® LT Libraryを、xGen® AML Cancer Panel v1.0でエンリッチメントする場合
・xGen® AML Cancer Panel v1.0 (16反応分): ¥400,000
・xGen® Universal Blocking Oligos - TS-p5、-TS-p7(6nt)、-TS-p7(8nt)の3種類(10反応分):
 ¥48,000/oligo ×3種類=¥144,000
→合計 ¥544,000

xGen® Capture Protocol

ハイブリダイゼーション時間が4時間のプロトコールと48時間のプロトコール(PDFファイル)をダウンロードいただけます。

その他の次世代シーケンスで用いるカスタムDNA合成

具体的な配列をご提示いただけましたら、IDTのカスタムDNA合成サービスにより、高品質のカスタムDNAオリゴとしてご提供可能です。詳細はお問い合わせください。

ご注文・問い合わせ先について

oligo@mbl.co.jpまでご氏名と内容をお送り下さい。

皆様のご注文を心よりお待ちしております。