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NGSデータ解析サーバ

オープンソースのバイオインフォマティクス・ソフトウェアで
次世代シーケンサのデータを解析!

【新発売】
VCF統合ソフトウェア QMergeUI

製品一覧


モデル スタンダード エンタープライズ ハイエンド
解析
パイプライン
下記から1つご選択ください 下記から最大2つご選択ください
・Resequence 解析パイプライン
 (Whole Exome Sequence、Whole Genome Sequence対応)
・RNA-seq 解析パイプライン
・ChIP-seq 解析パイプライン
・Clinical-seq解析パイプライン(Resequenceパイプラインが必須となります)
リファレンス
ゲノム
下記から2つご選択ください 下記から最大3つご選択ください
hg19 / GRCm38 (mm10) / rn4 / rn5 / TAIR10 / MEDAKA1
CPU Intel Core i7-4770K
[3.5GHz / 4 Core]
Intel Core i7-4930K
[3.4GHz / 6 Core]
Xeon E5-2667v2
[3.3GHz / 8 Core] × 2基
メモリ 32GB (8GB×4本) 64GB (8GB×8本) 256GB (16GB×16本) ECC付
ストレージ SSD:80GB (OS用)
HDD:2TB×1台(データ用)
SSD:120GB (OS用)
HDD:2TB×4台
(RAID構成、データ用)
SSD:160GB (OS用)
HDD:3TB×8台
   (RAID構成、データ用)
筐体サイズ W220mm × H465mm
× D505mm
W220mm × H465mm
× D505mm
W178mm × H437mm
× D648mm
UPS なし あり あり
OS CentOS6 64bit (日本語版)
設置・導入 設置サービス
初回導入チュートリアル
同梱物 23インチディスプレイ/キーボード/マウス/本体マニュアル/クイックスタートマニュアル/ インストールメディア
納期 約4週間 約4週間 約8週間
価格 1,100,000円(税別) 1,800,000円(税別) 4,600,000円(税別)
対象 微生物などゲノムサイズの 小さい生物の解析に ヒトやマウスなどのExome / RNA-seq / ChIP-seq解析に 全ゲノム解析や大量サンプルの解析に

1000 Genomes プロジェクトやUK10K等の国際プロジェクトで実績のあるソフトウェアを組み合わせたパイプラインを構築し、インストールして提供しています。上記のモデルに、研究の目的に合った解析環境をカスタマイズすることも可能です。



Clinical-seqパイプライン搭載サーバ

次世代シーケンス(NGS;Next-Generation Sequenxcing)のデータ解析環境にご満足されていますか?
アメリエフ社よりClinical-seqパイプラインを搭載したサーバを新発売しました。
Clinical-seqパイプラインは、シーケンスデータからSNV/Indelを検出し、最新のアノテーション情報を用いて、使用目的に合った報告書を作成するパイプラインです。システムは完全に自動化されているため、解析結果検討のための手作業にかかっていた手間と時間を軽減し、注目している変異をスピーディに抽出します。



3つのファイルを指定して解析を実行 150万円(税込)〜

3つのファイルを指定して解析を実行

高精度のSNV / Indel検出
1000 Genomes プロジェクトやUK10Kなどの国際プロジェクトで実績のあるソフトウェアを組み合わせたパイプラインで本格的な解析
腫瘍特異的変異検出
正常と腫瘍で共通する変異は除外
腫瘍のみのサンプルにも対応
充実のアノテーション
最新の公開データベースを統合した
UniDB(Universal Database) 付属
条件に合う変異の報告書(xls)を出力 Report

条件に合う変異の報告書(xls)を出力

【報告書フォーマット決定までの流れ】
○ 30種以上のアノテーションデータ一覧をお渡しします。
・Disease curation
・Computational prediction
・Variant database
※データベースの追加もご相談ください。
○ 腫瘍特異的変異の3つの分類方法をご指定ください。
○ テストデータによるチューニングを行います。
○ 掲載する情報、列名、列順を調節します。

VCF統合ソフトウェア QMergeUI

QMergeUIは、比較したい複数のVCFファイルのサンプル情報をまとめ
それぞれの変異情報にデータベース情報を付与し、
1枚のエクセルシートに出力するソフトウェアです!

○ 「がん研究」でQMergeUIを利用する例

1.次の設定を行います
・ 3サンプルの変異情報(VCFファイル)を使用します。
・ アノテーション付けしたいデータベースとして、<UniDB>に格納されている下記3種を選択します。

ICGC 世界的に重要な 50 種のがんにおけるゲノム異常を解明する
CancerGenome Project のデータベース
HGVD京都大学が運営する日本人の変異情報などのデータベース
SIFTアミノ酸置換がタンパク質の機能に影響を及ぼすかどうかを予測するツール

2.出力されたエクセルファイルで結果の意味を検討します

①3サンプルで同じ変異が検出されました
②HGVDに登録されている日本人集団における、この変異のアリル頻度は5.5%です
③ICGCプロジェクトに登録されている集団における、この変異のアリル頻度は0.01%です
④SIFTによって、この変異は「Damage(有害)」と予測されました

○ データベースを集約した<UniDB>!

UniDBとは?

世界的に公開されている様々な集団のゲノムバリエーションや、変異と表現型(疾患や薬剤応答)など、10種以上のデータベースをアメリエフ独自に統合し、UniDB(Universal Database )として提供しています。

UniDBを、年4回(2月、5月、8月、11月)の更新時期にバージョンアップすることで、新しい公開データベース情報を利用することができます。(有償)

○ データベース例

○ 価格についてはお問い合わせください。

○ オプション(有償)

・UniDBの更新
 更新頻度 : 4回/年
 価格 : 20万円(税別)/1回

○ UniDB 販売実績

・国立大学 医学部付属病院
・私立大学 医学研究科
・大手民間病院
・大手製薬企業研究所
・国立病院付属研究所

○ ご注意

Linuxでのみ動作します。
Java 1.7以上のインストールが必要です。
マシン固定ライセンスとなります。連携大学院や大学共同利用機関には適用されません。



その他オプション(有償)


サービス 内容
データ解析サポート(1年間) 解析パイプラインとサーバの基本操作について、電話またはメールでの技術サポートを行います。
バイオインフォマティクス
トレーニング
オンサイトによる各種トレーニングプログラムがございます。
(科目:Linux 入門、Perl 入門、R 入門、Reseq 解析、RNA-seq 解析、がん体細胞変異解析など)
詳細は jutaku@mbl.co.jp までお問い合わせください。
パイプラインの開発 既存ソフトウェアでは対応していない解析について、お客様のご要望に応じたパイプラインを開発します。
チュートリアル(実データ利用) 発注時にお手元のデータをお預かりし、納品時に解析結果を用いたチュートリアルを実施します。(最大3 サンプルまで)



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